Gjennom samarbeid over grensen skal Skagerrak styrkes som et livskraftig  region for miljø og blå tilvekst. Samtidig skal prosjektet verne om det verdifulle naturmiljøet som nasjonalparkene utgjør. Videre skal prosjektet utlede til varige arbeidsformer og møteplasser, både politisk og administrativt for å kunne følge opp innsatsområdene etter at prosjektet er avsluttet.

Prosjektet har tre innsatsområder: Havsforvaltning, næringsutvikling og forskning og akademi.